El Proyecto Educativo Institucional (PEI) es un documento muy importante para todo colegio. Declara aquellos elementos que son prioridad y sobre los cuales cada miembro de la comunidad educativa se siente identificado. Al mismo tiempo permite proyectar y programar las acciones que realiza el colegio manteniendo un foco que guíe un camino a seguir claro y compartido por todos.

El año 2016 el colegio San Fernando  decide actualizar su Proyecto Educativo Institucional junto a Grupo Educativo. Esto ocurrió por medio de un proceso participativo que fortaleció la identidad compartida por la comunidad educativa. Estudiantes, apoderados, profesores/as, directivos, asistentes de la educación y ex-alumnos participaron en actividades que permitieron construir entre todos el colegio de hoy y del futuro.

Al mismo tiempo se hizo una revisión de instrumentos (encuestas) para el seguimiento de indicadores de gestión.